Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Башкирский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации был основан Постановлением Совета народных Комиссаров № 289 от 25 марта 1932 года как медицинский институт. Приказами Госкомвуза России от 23.06.1995 № 953 и Минздравмедпрома России от 20.07.1995 № 209 Башкирский государственный медицинский институт переименован в Башкирский государственный медицинский университет. Учредителем Университета является Российская Федерация. Полномочия учредителя осуществляет Министерство здравоохранения Российской Федерации.
БГМУ - крупный учебный научно-практический центр, в котором ведется образовательная деятельность по специальностям среднего профессионального образования, высшего образования, последипломное обучение, осуществляются фундаментальные и прикладные научные исследования. В состав вуза входит многопрофильная клиника, клиническая стоматологическая поликлиника, центральная научно-исследовательская лаборатория, объединенный центр симуляционного обучения, лаборатория клеточных культур, научная библиотека. Лечебная работа проводится на базе собственной клиники на 625 коек и клинической стоматологической поликлиники. 55 клинических кафедр расположены на базе 69 лечебно-профилактических медицинских организаций РБ.